MTsN 1 didirikan sebagai lembaga pendidikan Islam tingkat tsanawiyah yang berkomitmen menyelenggarakan pendidikan berkualitas berlandaskan nilai-nilai keislaman dan kebangsaan.
Pada tahun 1982 Departemen Agama Republik Indonesia melakukan perubahan status Madrasah dari PGAN menjadi Madrasah Tsanawiyah Negeri Ujung Pandang, yang selanjutnya pada tahun 1994 di tingkatkan statusnya sebagai salah satu madrasah Percontohan di Provinsi Sulawesi Selatan. Seiring dengan terjadinya perubahan nama kota Ujung Pandang menjadi kota makassar, maka pada tahun 1997 nama Madrasah juga mengalami perubahan Menjadi Madrasah Tsanawiyah Negeri Model Makassar. Pada tahun 2015 sesuai dengan Surat Keputusan Menteri Agama nomor 365 Tahun 2015 tentang perubahan nama Madrasah Aliyah Negeri, Madrasah Tsanawiyah Negeri dan Madrasah Ibtidaiyah Negeri di Provinsi Sulawesi Selatan, maka saat ini Madrasah Tsanawiyah Negeri Model Makassar menjadi Madrasah Tsanawiyah Negeri 1 Kota Makassar.
Sejak berdirinya Madrasah Tsanawiyah Negeri 1 Kota Makassar sampai saat ini,jabatan Kepala Madrasah telah banyak mengalami pergantian dari rentang tahun 1978 sampai saat ini. Adapun nama-nama Kepala Madrasah adalah :
Keberhasilannya mempertahankan predikat Akreditasi (A+) berdasarkan SK Penetapan Hasil Akreditasi BAP-S/M Nomor 150/SK/BAP-SM/X/2016 tanggal 28 Oktober 2016 serta didukung oleh Tenaga pendidik yang sebagian besar telah berkualifikasi Magister (S2) dan Doktor (S3). Itulah sebabnya animo masyarakat Sulawesi selatan menjadikan Madrasah ini sebagai Madrasah tujuan, impian dan pilihan pertama.
Dalam beberapa tahun terakhir, MTsN 1 telah melakukan berbagai inovasi pembelajaran, peningkatan fasilitas digital, serta penguatan program unggulan seperti tahfidz, olimpiade sains, dan pengembangan karakter siswa.
Madrasah terus bertransformasi menjadi pusat pendidikan Islam modern yang relevan dengan tantangan zaman, tanpa meninggalkan identitas dan nilai-nilai madrasah.